南京信息工程大学生态与应用气象学院农业硕士主要依托应用气象学、农业资源与环境两个本科专业，具有应用气象学硕士、博士学位点和农业资源与环境硕士点。应用气象学专业前身是成立于1960年的农业气象学专业，1978年获学士和硕士学位授予权，1998年改名为应用气象学专业，2003年获得应用气象学博士学位授予权，拥有博士后流动站。应用气象学专业为教育部高等学校特色专业建设点、江苏省特色专业、重点专业、品牌专业建设点，是迄今为止国内唯一的应用气象学国家级特色专业建设点；是中国气象学会农业气象与生态学委员会的主任委员单位，是全国应用气象学专业国家教学质量标准的制定专业。在中国多个社会机构的专业排名中，连续十多年位居全国同类专业第一，始终为全国同类专业中唯一的A+专业，也是南京信息工程大学大气科学双一流学科的主要组成部分。农业资源与环境专业2004年招收本科生，2008年列为中国气象局重点学科，2019年招收农业资源与环境学术学位硕士研究生。本专业建有气候与环境变化国际合作联合实验室、国家一级农业气象试验站、国家标准农业气象观测场、农业与生态气象江苏省高校重点实验室、土壤环境与污染修复中心、耕地保护与地力提升中心等教学科研平台及全国30余个实习实践基地。

资源利用领域以服务现代农业为宗旨，主要开展耕地保育与产能提升、新型肥料与施肥、水肥高效利用、农业废弃物资源化利用、农业污染控制与修复、农业面源污染与环境保护、农业资源信息技术、农业绿色低碳技术、土地资源合理规划与利用等方面研究，培养面向农业资源利用与环境保护的技术研发、产品创制、生产优化、示范推广和管理的应用型（高级）专门人才。

植物保护领域涵盖农业有害生物（含外来入侵物种）监测与预警、植物检疫检验与生物安全、农药产品研发与应用、有害生物综合治理、农产品安全生产、植物保护推广管理体系建设与创新等方向。培养作物有害生物防控、农产品安全生产、植物检疫、生物安全与管理的应用型（高级）专门人才。