南京信息工程大学应用气象学院农业硕士主要依托应用气象学本科专业，具有应用气象学硕士、博士学位点。应用气象学专业其前身是成立于1960年的农业气象学专业，1978年获学士和硕士学位授予权，1998年改名为应用气象学专业，2003年获得应用气象学博士学位授予权，拥有博士后流动站。应用气象学专业为教育部高等学校特色专业建设点、江苏省特色专业、重点专业、品牌专业建设点，是迄今为止国内唯一的应用气象学国家级特色专业建设点；是中国气象学会农业气象与生态学委员会的主任委员单位，是全国应用气象学专业国家教学质量标准的制定专业。本专业在中国多种社会机构的专业排名中，连续十多年在全国同类专业中排名第一，始终为全国同类专业中唯一的A++专业，也是南京信息工程大学大气科学双一流学科的主要组成部分。

本专业拥有WMO国际应用气象研究院、江苏省农业气象重点实验室、江苏省应用气象实验教学示范中心、耶鲁大学-南京信息工程大学大气环境中心等国际和国内一流的应用气象学教学科研平台，是江苏省高校应用气象产学研人才培养模式创新基地，侧重培养具有农学专业的基础知识、基本理论和基本技能，能够在农业气象服务、农业模型、农业气候资源利用、农业遥感与地理信息处理、农业防灾减灾等方面从事科研、教学和业务管理工作的应用型高级专门人才。

资源利用方向，以服务现代农业为宗旨，主要开展农业资源高效利用、农产品质量安全控制、农业环境监测评价与污染治理、农业资源与环境信息技术、土地资源管理等方面的研究。通过对农业资源合理利用、生态环境保护理论及其高新技术的研究，培养具有现代农业资源高效利用、生态环境保护方面的理念与技术的人才，为资源利用、生态环境保护保驾护航。

植物保护领域本领域包括耕地质量培育与提升、肥料加工与高效利用、农业废弃物资源化利用、农业有害生物综合防控、植物检验检疫与生物安全、农药管理及安全使用、农业面源污染与生态治理、农业资源开发与利用等研究方向。