生态学专业设立于2001年，2005年获批生态学硕士学位授予权（二级学科），2011年获批生态学一级学科硕士学位授权。本学科现有学术型专职指导教师25人，其中教授9人，副教授6人，博士学位比例达100%。具有海外留学经历的青年导师比例达90%以上。目前已组建了一支包括国务院特殊政府津贴专家、青年国家特聘专家学者、江苏省特聘教授、江苏省333工程人选、江苏省“六大人才高峰”高层次人才、江苏省青蓝工程学术带头人等各类人才的高水平研究生导师队伍。近五年来，本专业导师正在主持或已完成的国家级、省部级、企业委托项目100余项，科研经费达2500万以上，出版学术专著及教材10余部，申报专利40余项。本专业目前拥有中央与地方共建的“生态过程及其环境响应实验室”和“生态气象环境研究中心”、教育部科技创新团队、江苏省特色专业建设点、江苏省重点实验室等学科平台。依托传统的生态学科方向，围绕区域特点与气象特色，重点发展具有区域特点及气象特色的生态学学科体系，为我国（特别是长三角地区）培养全面发展的生态学高层次专门人才，以满足区域生态文明建设的战略需求。